Для досягнення поставленої мети Синодальний відділ ставить перед собою наступні завдання:

• вивчення традиції взаємодії Церкви і медицини та визначення можливих перспектив цього співробітництва з урахуванням сучасних умов життя;

• координація взаємодії органів і установ охорони здоров'я з Українською Православною Церквою, її єпархіями та іншими структурними підрозділами у питаннях охорони здоров'я населення;

• створення християнської концепції медичної етики та біоетики;

• реалізація релігійних програм (на міжнародному, загальнодержавному, регіональному та місцевому рівнях), проектів, угод та рекомендацій щодо взаємодії органів і установ охорони здоров'я з УПЦ в питаннях забезпечення медико-соціальної допомоги населенню та захисту прав людини;

• відродження традиційної практичної церковної медицини у вигляді церковної багатопрофільної клініки;

• участь у міжнародних гуманітарних програмах;

• громадське планування та втілення в життя програм профілактики та медичної обізнаності населення;

• надання допомоги людям, які через свої фізичні або інші вади обмежені в реалізації своїх законних прав та інтересів;

• сприяння організації відпочинку та оздоровлення дітей і дорослих;

• організація програм захисту підростаючого покоління від впливу кримінального середовища, схильності до куріння, вживання алкоголю і наркотиків;

• тісна співпраця з відповідними структурами інших православних і інославних Церков;

• сприяння діяльності по виконанню в Україні міжнародних та загальнодержавних документів, що стосуються захисту прав людини у медичній сфері, а також втілення в життя інших громадських церковно-медичних програм в рамках законодавства України.